Para criar um campo personalizado no WHMCS, acesse a Area Administrativa, clique em Opções > Campos Personalizados.
Se desejar usar apenas um campo para CPF e/ou CNPJ: Na pagina que abrir, em Nome do Campo, insira “CNPJ/CPF”, tipo de Campo “Caixa de Texto”, descrição “Digite o CNPJ para pessoa Jurídica, CPF para pessoa física”.
Se desejar cria 2 campos separados, um para CPF e outro para CNPJ, basta repetir o processo e nomear um campo com CPF e outro com CNPJ.
Marque as três opções (campo obrigatório, mostrar no formulário do pedido, exibir na Fatura) e clique em salvar Alterações.