O procedimento é semelhante ao da instalação, basta adicionar os arquivos na pasta /modules/gateways/ do seu WHMCS.
1) Faça um backup do arquivo gofasgerencianetboleto.php e da pasta gofasgerencianetboleto localizados na pasta /modules/gateways/ do seu WHMCS;
2) Baixe a última versão do módulo aqui;
3) Faça upload do arquivo para o seu servidor via cPanel (especificamente no seu servidor, vai ocorrer um erro se você subir via FTP, não use esse método);
4) Exclua o arquivo gofasgerencianetboleto.php e o diretório gofasgerencianetboleto do diretório /modules/gateways/;
5) Descompacte o arquivo whmcs-gerencianet-boleto-master.zip, acesse a pasta whmcs-gerencianet-boleto-master e copie o arquivo gofasgerencianetboleto.php e o diretório gofasgerencianetboleto para dentro do diretório /modules/gateways/;
6) Acesse as configurações do módulo e clique em salvar, apenas para registrar novas opções que possam ter sido adicionadas entre a versão que vc está executando e a versão atual.