Olá, Ricardo.
Na versão 3.2.0 resolvemos as duas situações. A sincronização em lote passou a reprocessar os clientes que falham em vez de pulá-los. O status Ativo/Inativo do cliente no WHMCS passou a ser sincronizado com a Conta Azul.
A versão atual é a 3.4.1, disponível na sua área de cliente em Meus Produtos e Serviços. Ela também traz a NFS-e no email e no WhatsApp do cliente e uma atualização importante de segurança. Exige PHP 8.2 ou superior e ionCube Loader 15 ou superior.
Depois de atualizar, rode a sincronização de novo. Se algum cliente continuar sem sincronizar, responda aqui com o log do módulo.
Para enviar código ou logs, use um link do Gist (gist.github.com) ou do Pastebin (pastebin.com).